李贽于明世宗嘉靖六年（1527年11月23日）农历十月廿六日出生于福建泉州府南门外。其祖先是元朝以后迁来福建。李贽幼年丧母，随父读书，学业进步迅速。自幼倔强，善于独立思考，不信回教，不受儒学传统观念束缚，具有强烈的反传统理念。他在社会价值导向方面，批判重农抑商，扬商贾功绩，倡导功利价值，符合明朝中后期资本主义萌芽的发展要求。
李贽12岁就写出《老农老圃论》，把孔子视种田人为“小人”的言论大大挖苦了一番，轰动乡里。26岁中举人 。30岁至45岁为官，先后任河南辉县教谕、南京国子监博士、北京国子监博士、 北京礼部司务、南京刑部员外郎和郎中，最后出任云南姚安知府。
万历九年（1581年），李贽从云南辞职回加到湖北黄安，住在朋友耿定理家，撰写一些读史的文章，并教授耿家子弟。李贽倡导绝假纯真、真情实感的“童心说”。李贽在麻城还多次讲学，抨击时政，针砭时弊，听任各界男女前往听讲，并受到热烈的欢迎。
万历十二年（1584年），耿定理去世，他移居麻城。第二年派人送家眷回泉州，自己一人住在麻城芝佛院，致力于读书、讲学和著述，历十多年，完成《初潭集》、《焚书》等著作。收入《童心说》、《赞刘谐》、《何心隐论》及与道学家耿定向反复论辩而撰写《答耿中丞》、《答耿司寇》等书答、杂述、读史短文和诗共6卷。揭露道学家们的伪善面目，反对以孔子的是非观为是非标准，批判的锋芒直指宋代大理学家周敦颐、程颢、张载、朱熹。
万历十六年（1588年）夏天，李贽为芝佛院的常住客户和职业作家。书写到高兴处，索性剃发留须，故意摆出一副“异端”面目，俨然是个搞学术的老和尚，如此便是10年。部尚书刘东星亲自接他去山东写作；历史学家焦竑替他主持新书发布会；文坛巨子袁氏三兄弟跑到龙湖陪他一住三个月；意大利传教士利马窦和他进行了三次友好的宗教交流；全国各大城市轮流邀请他去做访问学者。李贽一开坛讲学，不管哪座寺庙，还是深山老林，和尚、樵夫、农民、甚至连女子也勇敢地推开羞答答的闺门，几乎满城空巷，都跑来听李贽讲课。一下子，李贽成了横扫儒、释、民的学术明星。这对传统思想造成了强烈的冲击，被当地的保守势力视为“异端”、“邪说”，群起围攻，要把他驱逐出境。李贽旗帜鲜明宣称自己的著作是“离经叛道之作”，表示：“我可杀不可去，头可断面身不可辱”，毫不畏缩。
万历二十五年（1597年），李贽应巡抚梅国桢之请 李贽作品 往山西大同，著《孙子参同》，修订《藏书》。秋，到北京，住在西山极乐寺，撰成《净土诀》，次年春天到南京，将自己的零星著作汇成《老人行》，并再度研究《易》，撰写《易因》，最后编订其巨著《藏书》。《藏书》共68卷，系纪传体史论，论述战国至元亡时历史人物约800人，对历史人物作出了不与传统见解苟合的评价，旨在反对儒学。如他赞扬秦始皇是“千古一帝”，武则天是“政由己出，明察善断”的“圣后”。
万历二十八年（1600年），在山东济宁编成《阳明先生道学抄》、《阳明先生年谱》。
万历三十年（1602年），礼部给事中张问达秉承首辅沈一贯的旨意上奏神宗，攻讦李贽。最终以“敢倡乱道，惑世诬民”的罪名在通州逮捕李贽，并焚毁他的著作。李贽入狱后，他坦然说道：“名山大壑登临遍，独此垣中未入门。病间始知身在系，几回白日几黄昏。”后来听说朝廷要押解他回福建原籍，他感慨地说：“我年七十有六，死以归为？”三月十五日，李贽留下一偈：“壮士不忘在沟壑，烈士不忘丧其元。”以剃发为名，夺下理发师的剃刀割断自己的喉咙而死，享年76岁。死后，马经纶把他收葬于北京通州北门外马寺庄迎福寺侧（现北京通州西海子公园内），今墓地尚在，被列为北京市文物保护。
万历三十八年（1610年），李贽的学生汪可受，以及梅掌科、苏侍御捐银钱为其树碑。据说“卓吾血流二日以殁，惨闻晋江，士庶甚闵，于晋江西仑作温陵先师庙，颇奉香火，后毁于兵燹。”
在1974年的批林批孔运动中，李贽又被当作尊法反儒的英雄，加以推崇，他的著作被划归“法家”。
另类讲学
李贽住在龙湖芝佛寺著述、讲学，虽说他是有大学问的人，却也开荒、种粮、种菜、勤快得很。李贽讲学跟别的先生不一样。别的先生只收男孩，他偏偏要男女收在一起教；别人都要求孩子走路要轻，说话莫大声。而李贽偏要他们蹦蹦跳跳翻跟斗，大声读书震天吼；别人教书要白天，李贽白天要求孩子帮大人种田、种地，夜晚听他讲学；别人教书专讲“四书”、“五经”，李贽专教些实用的东西，还经常出谜语逗孩子玩。有一次，李贽出了一个谜语：“皇帝老子去偷牛，满朝文武做小偷；公公拉着媳妇手，孩子打破老子头。”孩子们猜来猜去，都猜不出来。李贽笑着说：“你们不是猜不着，是还没有长这个胆量。要干大事，就得敢破旧规矩，敢想，敢说，还要敢干。”接着，他解释说：“第一句‘皇帝老子去偷牛’是君不君；第二句‘满朝文武做小偷’是臣不臣；第三句‘公公拉着媳妇手’是父不父；第四句‘孩子打破老子头’是子不子。”学生们听了以后，感到有趣，到处传播。
借宿好友
李贽55岁时，携妻从云南直奔湖北黄安的天台书院，白天讲学论道，夜宿好友耿定理家中，主业是门客，兼职是家庭教师。
他招收女弟子、个性要解放、个人要自由的“异端邪说”，与耿定理的哥哥、刑部左侍郎耿定向的正统观点激烈冲突，双方水火不容。耿家门人也分成了两派，彼此用拳脚来解决真理问题。耿定理一去世，李贽就从耿家搬出来，迁往麻城，投靠另一位知己周思敬，开始了孤寂的学术流浪。
自杀
李贽在狱中，要侍者为他剃头，等侍者离开的间隙，李贽用剃刀割开了咽喉，但并没有咽气，留下了一段对话。侍者问：和尚痛否？答：不痛。问：和尚何自割。答：七十老翁何所求！而据袁中郎记载，李贽在自刎后两天，才始得死去。
李贽以孔孟传统儒学的“异端”而自居，对封建社会的男尊女卑、重农抑商、假道学、社会腐败、贪官污吏，大加痛斥批判，主张“革故鼎新”，反对思想禁锢。
政治
抨击程朱理学
李贽深受“阳明学”支流“泰州学派”影响，且以“异端”自居。针对当时官学和知识阶层独奉儒家程朱理学为权威的情况，贬斥程朱理学为伪道学，提出不能“以孔子之是非为是非”。诗文多抨击前七子、后七子复古之主张，认为《西厢记》、《水浒传》就是“古今至文”。公安派三袁兄弟受其影响较深。晚年颇好史学，据历代正史纂《藏书》，又广泛收集明代资料撰写《续藏书》，对传统史学观点有所突破。李贽对被封建统治者奉为金科玉律的儒家经典和孔孟之学进行抨击，对儒家经典的《六经》、《论语》、《孟子》表示了极大的轻蔑，认为这些不都是圣人之言，是经过后人吹捧拔高形成的，不能当做万年不变的真理。这些著作是当时懵懂弟子，迂阔门徒随笔记录，大半非圣人之言，即使是圣人之言，也只是一时所发之药石，不能成为“万事之言论”。
在《焚书·赞刘谐》及《续焚书》的《圣教小引》、《题孔子像于芝佛院》等文中，他以戏谑嘲讽的笔调贬低孔子，这在尊孔子为至圣先师的时代，是一种大胆的举动。他认为孔子并非圣人，孔子没什么了不起的，人人都是圣人，没必要一定要去学孔子。这就把孔子从至高无上的圣人地位上拉下来了。如果一定要将孔子奉为偶像，言行举动都学孔子，那就是一种丑态了。
李贽否认儒家的正统地位，否定孔孟学说是“道冠古今”的“万世至论”，认为不能将其当做教条而随便套用。《六经》、《论语》、《孟子》“乃道学之口实，假人之渊薮”。李贽对孔子及孔孟之道的批判确已达到了“非圣无法”的地步。
反对理学空谈，提倡功利主义
李贽最痛恨维护封建礼教的假道学和那些满口仁义道德的卫道士、伪君子。揭露道学家的丑恶面目，指出他们都是伪君子，“名为山人，而心同商贾，口谈道德，而志在穿窬”，仁义道德不过是掩盖他们卑鄙龌龊的假面具，“本为富贵，而外矫词以为不愿，实欲托此以为荣身之梯，又兼采道德仁义之事以自盖”。还指斥那些所谓的道学家们：名心太重，回护太多。“实多恶也，而专谈志仁无恶；实偏私所好也，而专谈泛爱博爱；实执定己见也，而专谈不可自是。”“及乎开口谈学，便说尔为自己，我为他人；尔为自私，我欲利他”，实际上都是“读书而求高第，居官而求尊显”，全是为自己打算，“无一厘为人谋者”。如此口是心非，言行不一的伪君子，反倒不如“市井小夫”与“力田作者”实实在在，干啥说啥。
他还进一步指斥道学家们是一群道貌岸然的假道学，“阳为道学，阴为富贵，被服儒雅，行若狗彘”。道学家满口仁义道德，实际上是借道学这块敲门砖，“以欺世获利”，为自己谋取高官利禄，他们“口谈道德而心存高官，志在巨富” 。
至道无为的政治理想
针对明王朝的腐败政治，李贽提出了“至道无为、至治无声、至教无言” 的政治理想。他认为人类社会之所以常常发生动乱，是统治者对社会生活干涉的结果。他理想的“至人之治” 则是“因乎人者也”，顺乎自然，顺乎世俗民情，即“因其政不易其俗，顺其性不拂其能”，对人类的社会生活不干涉或少干涉。
民本思想
虽然孟子早就提出“民为贵，君为轻，社稷次之”的主张，当在历代统治者中，实际均未成为一种政治实践。而李贽大胆提出“天之立君，本以为民”的主张，表现出对专制皇权的不满，成为明末清初启蒙思想家民本思想的先导。对封建统治者残酷压榨鱼肉人民的暴行，李贽更加以无情揭露。他借汉宣城郡守封邵化虎食民的神话传说，指斥当权的官吏是“冠裳而吃人”的虎狼，“昔日虎伏草，今日虎坐衙。大则吞人畜，小不遗鱼虾。”在《焚书》中，他还借评点《水浒》，发泄对现实政治的强烈不满。
李贽将拯黎民于水火，探求一条益国利民的道路，把目光投向了封建统治阶级上层，希望“有一个半个怜才者”出现，使“大力大贤”的有才之士“得以效用，彼必杀身图报，不肯忘恩”。
经济
李贽承认个人私欲，“私者，人之心也，人必有私而后其心乃见”。“天尽世道以交”，认为人与人之间的交换关系、商业交易合乎天理。他不同意道学家宣传的“正其义不谋其利，明其道不计其功”的说法，认为人类的任何举动都有其谋利和计功的目的。董仲舒“正其义”、“明其道”的宣传，也是以功利为目的的。从功利的观点出发，李贽主张富国强兵。他批评理学家“高谈性命，清论玄微，把天下百姓痛痒置之不闻，反以说及理财为浊”的行为。他指出：“不言理财者，决不能平治天下”。针对儒家把文武分途，儒者不懂武事的现象，他强调武事重要，认为“知兵之将，民之司命，国家安危之主”。他提倡耕战，认为“务农讲武，不可偏废”，说“盖有所生，则必有以养此生者，食也。有此身，则必有以卫此身者，兵也”。针对正统理学家的“存天理灭人欲”的命题，他提出“穿衣吃饭，即是人伦物理”的主张，认为“理”，就在百姓的日常生活当中，对正统思想提出了挑战。
文化
文学
在文学方面，李贽提出“童心说”，主张创作要“绝假还真”，抒发己见，头可断面身不可辱”，毫不畏缩。李贽在诗文写作风格方面，也主张“真心”，反对当时风行的“摹古”文风，他的这一倾向，对晚明文学产生了重要影响。
认识论
李贽哲学思想的形成经历了从理本论到心本论的转化的过程。李贽主张宇宙的万物是由天地（最终是阴阳二气）所生，否定程朱理学理能生气、一能生二的客观唯心主义论断。李贽还认为，人们的道德、精神等现象存在于人们的物质生活中，“穿衣吃饭，即人伦物理”，就是他提出的著名理论，这是带有朴素唯物主义的思想。李贽信奉王阳明的心学，所以，他的整个哲学体系的中心是主观唯心主义的。他认为“真心”、“童心”是最根本的概念，是万物的本源。自然界是“我妙明真心的一点物相”，没有“理”，没有物，世上一切物质和精神皆是只存在于“真心”之中。什么是“真心”呢？就是童心、初心，最初一念之本心，即不受外界影响的“我”的心。它们是主宰一切，产生诸相的本源，可称作“清净本源”，万事万物、山河大地就在一念之中，只是真心的显现物，是真心的因素和成分，如同水泡和大海中的海水的关系。这种观点，与陆王学派的“吾心便是宇宙，宇宙便是吾心”、禅宗的“万法尽在自心”是一脉相承的。
李贽的认识论是建立在心学之上的先验论，主“生知”说。《焚书·答周西岩》一文指出，“天下无一人不生知，无一物不生知，亦无一刻不生知。”“人皆可以为圣”。李贽以“生知”说反对神化孔子，从认识能力、认识来源的角度来否定认识正确与否要以孔子为标准的传统思想，具有解放思想的进步作用，但以“人人生知”反对“圣人生知”说，其认识论方面的局限和缺陷是不可忽视的。
历史观
反对历史保守主义主张“与世推移”的历史发展观。“夫是非之争也，如岁时行，昼夜更迭，不相一也。昨日是而今日非也，而可遽以定本行商法哉？”提出“于世推移，其道必尔”的主张。认为春秋替三代，战国代春秋都是一种正常的历史发展现象。
社会
主张个性解放，思想自由
李贽终生为争取个性解放和思想自由而斗争。他蔑视传统权威，敢于批判权威。他自幼“便倔强难化，不信学，不信道，不信仙释”。他认为一个人应该有自己的政治见解和思想，不应盲目地随人俯仰。“士贵为己，务自适。如不自适而适人之道，虽伯夷叔齐同为淫僻。不知为己，惟务为人，虽尧舜同为尘垢豼糠”。他认为要获得个性解放和思想自由，就必须打破孔孟之道及其变种宋明理学的垄断地位，冲破封建经典所设置的各种思想禁区。他主张每一个人都应该自为是非。为了打破孔孟之道提出的是非标准，李贽编写了《藏书》和《续藏书》，用自己的是非标准，重新评价了历史人物。
提倡人类平等
李贽认为，按照万物一体的原理，社会上根本不存在高下贵贱的区别。老百姓并不卑下，自有其值得尊贵的地方；侯王贵族并不高贵，也有其卑贱的地方。
提倡婚姻自由
李贽主张婚姻自由，热情歌颂卓文君和司马相如恋爱的故事。
尊重妇女
李贽反对歧视妇女，对封建礼教压迫下的妇女，李贽给以深深的同情，他大声疾呼，为妇女鸣不平。李贽批判了男子之见尽长，女子之见尽短的说法。当有人说：“妇女见短，不堪学道”的时候，他驳斥说，人们的见识是由人们所处的环境决定的，并不是先天带来的。
宗教态度
李贽自序中说自己“幼年不信道和仙释，老年信真佛。在阳明先生年谱后语里，李贽说：“余自幼倔强难化，不信道，不信仙释。故见道人则恶，见僧则恶，见道学先生则尤恶。”
关于落发为僧，在《与曾继泉》一文中，李贽写道：“其所以落发者，则因家中闲杂人等时时望我归去，又时时不远千里来迫我，以俗事强我，故我剃发以示不归，俗事亦决然不肯与理也。又此间无见识人多以异端目我，故我遂为异端以成彼竖子之名。兼此数者，陡然去发，非其心也。”
李贽视念佛往生西方是真实的，十分推崇净土，他在觎音问)中说：“念佛者，念阿弥陀佛也。当时释迦金口称赞有阿弥陀佛也。当时释迦金口称赞有阿弥陀佛，在西方极乐国土，专一接引念佛众生。”又说道：”人人能念佛，人人得往西方。”可见，李贽以往生为归，并不排斥他力作用。《豫约》中认为：”夫念佛者，欲见西方弥陀也。见阿弥陀佛了，即是生西方了，无别有西方生也。见性者，见自性阿弥陀佛也，见自性弥陀了，即是成佛了，亦无别有佛可成也”。