焦竑是明代著名的藏书家。《明史·文苑·焦竑传》载：“（焦竑）博极群书，自经史至稗官，无不淹贯，善为古文，典正训雅，卓然名家。”《中国藏书家考略》载：“（焦竑）藏书两楼，五楹俱满。”在今江苏省南京市珠江路同仁街，1994年前有一座坐北朝南的双层木结构建筑，它就是南京地区传世最久的私家藏书楼建筑——澹园藏书楼。藏书楼建筑面积达350平方米。在南京，民间俗称为“焦状元楼”。
焦竑幼年、成年家境并不富裕，使焦竑自幼形成了嗜书、集书、抄书及后来条件改善后刻板印书的习惯。集腋成裘，使他成为晚明最大的私人藏书家，有“北李南焦”之说（李指齐东李开先，山东章丘人，明代戏曲家）。焦竑的藏书以抄本和宋明刊本居多。焦竑曾为自己丰富的藏书，编辑了一部两卷本的《焦氏藏书目》。藏书楼有“澹园”、“抱瓮轩”、“竹浪斋”、“万轴稷”、“五车楼”、“欣赏斋”，等，自经史至稗官杂说，无不收罗。《澹生堂藏书训》记其“金陵焦太史弱侯，藏书两楼，五楹俱满。余所目睹，而一一皆经校雠探讨”。钱曾亦称“近代藏书家，推章丘李（开先）氏，金陵焦氏”。曾编有《焦氏藏书目》2卷、《欣赏斋书目》6卷，均已佚。其“澹园”藏书楼一直保存至1994年，南京修建同仁大厦时被拆，历经400余年。焦竑把自己的藏书楼命名为“五车楼”，把书房命名为“欣赏斋”——焦竑对收藏到的每一部书，几乎都经过了亲自校勘，并盖有“澹园焦氏珍藏”、“子子孙孙永保”、“弱侯读书记”、“竹浪斋品”、“弱侯”、“抱瓮轩”、“漪南生”等印章。他的藏书曾经代表着明代南京地区私家藏书的最高水准，具有全国性的影响。对于焦竑的藏书，成为一些学者研究焦竑的切入点。晚清学者叶昌炽，在《藏书纪事诗·焦竑》中写道：“委宛羽陵方蔑如，广寒清暑殿中储。校竑但惜无臣向，《七略》于今未有书。”
平生和李贽交往最厚。他认为佛经所说，最得孔孟“尽性至命”精义，汉宋诸儒所注，反成糟粕。企图引佛入儒，调和两家思想。刻印古籍甚多，大多是哲学及文学作品。他将读书札记和论文，汇集成为了二十卷本的《焦氏笔乘》，成为焦竑考据与焦竑学术思想的重要文献。
1996年12月，南京大学教授徐雁在南京出版社出版的《南京的书香》里，对《焦竑的澹园藏书》给予了专门介绍。2000年底，由国家图书馆馆长任继愈主编、出版的3卷本《中国藏书楼》，给予了系统介绍。
焦竑的藏书，在他谢世后，其出路为当时文人所关注。黄宗羲在《天一阁藏书记》中写到“余在南中，闻焦氏书欲卖，急往讯之，不受奇零之值，二千金方得为售主……”，一方面，焦氏后人万不得已，还不想卖掉先祖焦竑珍惜了一辈子的书，所以惜售不零卖；另一方面，黄宗羲拿不出“二千金”那么多钱来整状求购，后来虽托人求购，但至“余归而不果”。
在焦竑辞世二十多年后，在晚明的兵火动乱中，焦竑的藏书，最终还是散失了；“焦状元楼”也在1994年春的南京同仁大厦工程中不幸被拆毁。这让国内外众多有识之士人扼腕叹息！开始从诸多方面寻找、抢救这一中华民族的优秀文化遗产。民革全国代表大会代表、南京大学著名教授徐雁，一直十分关注焦竑及其遗产遗存的保护工作，并为之奔走呼号。
一个人在中国历史上地位的有无与高低，取决于两个方面：
就个人而言：在不同时代、不同领域和学科中取得成就者，大多是那些在当时历史条件下自觉或不自觉地认识和掌握了该领域事物发展规律，具有敏锐思想的人。他们成就的大小，取决于思想上认识和反映这些规律的程度如何。
就整体而言：中华民族五千年来在曲折中生生不息、向前发展，能够屹立于世界民族之林，是一个世界发展的奇迹。其奥秘核心在于中国思想文化的“兼蓄包容”性，犹如滚滚东流的长江，不断容纳百川，奔腾向前。在与时俱进中，不断打破思想桎梏；在兼蓄包容中，不断积蓄能量，发展壮大。
焦竑，他承接与发展了晚明“泰州学派”的思想革新运动，打破了程子朱子“理学”死守教条，把圣人看成不可企及的“圣人思想至上”对人们思想的束缚。
焦竑提出：“学道者当扫尽古人刍狗，从自己胸中辟出一片天地。”“刍狗”，是古人扎制的用以祭祀的泥、木偶。祭祀时，作为神圣之物，祭祀完，则弃之不用。焦竑认为，古人的学说，作用如同刍狗，那是在当时需要下杜撰出来的，随着事过境迁，而后人将这些无用之物当作宝贝，只能蔽固自己的聪明……
泰州学派是“中国封建制社会后期的第一个启蒙学派”。它所倡导的“人皆可以为尧舜”“人皆可为圣人”，把“百姓”和“圣人”放在等同的地位，维护大众利益（“百姓日用是道”说）；尊重、重视人的价值，人人平等（“格物说”）……鸦片战争以后的洋务运动、维新运动、改良运动，无不受到“泰州学派”思想的影响。
他的呐喊，为人们的思想打开了一扇窗户，走向了那个时代思想与文化的顶峰！
被海内外学术界称为“规模最大的中国传统思想文化研究工程”——《中国思想家评传丛书》，由江苏省委、南京大学中国思想家研究中心推出。
该《丛书》以探求中华传统思想文化的深厚底蕴，揭示其发展变迁的内在规律为目标，遴选了从孔夫子到孙中山二千多年来文、史、哲、经、农、工、医、政治、军事、教育、科技和宗教等各个领域有杰出成就的百余名人物。
焦竑以一位“百科全书式”的人物，与同一时代的海瑞、黄宗羲及其后的顾炎武、蒲松龄等人当选，引起了社会各界的关注。
文史哲诸领域的贡献
焦竑一生博览群书，涉猎广泛。除著作等身、藏书两楼外，在史学、金石文字学、考据学、文献目录学、印刷出版、哲学、佛教等诸多领域里颇有建树，赢得了他在这诸多领域里的历史地位。
最突出的应是史籍文献学研究。对焦竑的历史文献研究成果，后人评说：“焦公是明代中国文献学第一大高手，博学淹贯，稀有能及”（《新语丝》1995年，第16期）。
对古籍藏书的分类整理，又使他成为了一位目录学家。主要是其为明朝国史（万历时期受命的）所修撰的《经籍志》（未完成）。由于某些缘故受到《四库》的批评。但是似乎对海外影响甚大。（内藤湖南《中国史学史》提到，日本有古版。可见流传应当很广。）
考据学方面，他将考证研究书籍中发现的错误，汇编成了《俗书勘误》一书。
在印刷方面。他一生以“致用”为目标，广泛搜辑抄撰存世书刊，成为了明代著名的古籍出版家；他在为皇长子做老师的过程中，创造性的将历代有作为的皇帝年少时奋发图强的故事，插入绘画，编写了文图并茂、适合青少年阅读的课外读物——《养正图解》。备受当代印刷界、出版界推崇。
南京大学著名学者、民革全国代表大会代表徐雁教授评价焦竑：“他是中国明代后期著名的学者，在理学、史学、文学、语言文字学、文献考据学等领域，都有着自己独特的建树，从而在中国思想学术历史上自成一家。”（《明代南京学术人物传》）。