早在元朝末年(惠宗年间)，何家在苏州就是世代出名的义门，不仅教育家族子弟，还收授平民学子，因有道义而多次受到表彰。
父族
何焯出身于书香门第，曾祖思佐、祖父应登、父亲何栋都是县学生。
伯父何棅，字与偕，清顺治四年(1647)丁亥科进士，第三甲第十一名。 顺治十七年任礼部仪制司员外，累迁礼部郎中、江西按察使司佥事、提调学政。何焯赞赏家中父老的品行，决心承继祖辈的传统门风，成人后自号义门。
母族
母吴氏，吴宏基之女。吴宏基经商、善算、善鉴别古器书画，著有《驳证西洋算经集解》《双龙剑传奇》等，与尤侗、汪琬为莫逆之交。顺治初，孝庄文皇后指令在苏州采办箔金十万以修补五台山佛像，吴宏基参办，却因此涉讼多年，家产日落，竟穷老而卒。
舅吴斌，号紫臣（1663—1744〕，是继姜采后裔的艺圃主人。苏州织造李煦曾委托他采罝行宫陈设器具，他仿古制而加变化。1703年，康熙南巡驻行宫，见所陈器具，赞叹良久，欲带他北上办理内府器物。他鉴于父亲前此赔累的教训，捥辞不去。著有诗4卷及《博占画图》、《博雅堂文钞》等,惜均不传。他于1696年移居艺圃。买下艺圃时，慨然同意姜氏子孙在部分宅屋内留居30年，并将亭危桥欹、苔藓没石的故园修葺得依然山峰林立、丘壑闲静，晚年因常倾囊施济而家业凋零。子吴永汉，以第一名入长洲县学，屡考举人不中，家益贫。著《姑苏杂咏》百篇，《松漱轩文集》10卷、诗集8卷，均不传。没后，子孙不能长保名园，艺圃为敬字二房的吴传熊所得。
表舅吴士玉（1665-1733），字荆山，号臞庵，谥文敏。康熙四十五年丙戌科，第二甲第二名进士。入史馆二十余年。历官翰林院庶吉士、武英殿纂修、总裁，内阁学士兼礼部侍郎、资政大夫，入直南书房，左都御史，特旨许紫禁城骑马，进礼部尚书。康熙五十八年（1719），吴士玉等奉敕撰《骈字类编》二百四十卷。康熙六十年（1721），与众人奉敕撰《子史精华》一百六卷。士玉好扶植人伦，与徐乾学、韩菼以奖励后进为己任。
吴士玉弟吴士珣（1689-1737），雍正八年（1730年）庚戌科第二甲第三十五名进士。
吴士玉子吴乔龄（1705-1761），乾隆元年（1736年）丙辰科第三甲第八十二名同进士。乾隆二十五年-二十六年（1760-1761）任山西泽州知府。
何焯妻
王氏
何焯子女
子：何寿余
有一女曾在何焯回乡丁忧期间，被八福晋留在府中抚养。
何焯少时钝拙，14岁后方发奋攻读，学问大进。焯于考据学颇有造诣，年轻时先后拜吴县邵弥、安溪李光地为师，又与太原阎若璩为友，寓居阎家，与阎通宵切磋议论。焯治学严谨，藏书数万卷，凡四部九流，直到杂说小学，无不一一探索考证，辨明真伪，疏清源流，各作题识。对书坊出版书籍的错误、缺漏，字体的正写、俗写，也逐一分辨订正。焯校定两《汉书》、《三国志》，凡议论人物，必究其家世，明其表里；议论事情，必晓其始末，尽其变化；指点时政，必根据国势民俗，析其利弊。
何焯25岁时以拔贡生进京城，被尚书徐乾学、祭酒翁叔元收为门生。焯秉性耿直，遇事直言辩正，因而常遭妒忌和中伤，徐乾学也对他渐生恶感。焯便上书徐，更求削去门生名义。从此，六次应考被排挤。
清康熙四十一年（1702）皇帝南巡，访觅逸贤，经宰相李光地推荐，通过考试，被安排在南书房供职，赐为举人。康熙四十二年癸未科第二甲第三名，赐为进士，又选为庶吉士。后于皇八子府当侍读，兼任武英殿纂修。康熙四十三年（1704）赐举人，试礼部下第，复赐进士，直南书房兼武英殿编修。通经史百家之学，长于考订，论文与方苞各异。
不久，受人诬陷被囚，焯身陷囹圄时，身带着镣铐，仍在朗读《易经》，门外也能听到朗朗书声。因何焯当官后迁回苏州金狮子巷，朝廷便派员查抄何焯府第“赍砚斋”，万卷藏书尽被查收。在查抄的藏书中，未见任何犯上之语，相反却发现了焯退还吴县知县赠送金钱的信稿。何焯作为朝廷高宫，拒收贿赂，且并不张扬，足见其德行清正廉洁。康熙为之感动，加上何焯上奏的数百字《申辩书》笔划端正，事实清楚，词正辞严，觉得何焯犯罪，事出有因，应予见谅。终于发还书籍，仅免其官职，仍在武英殿工作，并表彰他清正廉洁。
何焯出狱后，托病回乡修养。他在南归的旅途上，感念栽培他成才，荐举他为拔贡生的崇明乡亲父老，感慨地写下了一首示歉诗：“江上春生归已久，栖栖九陌竞谁知。一竿自断鲈乡老，不用刘生五字诗。”诗大意是说，我本是海岛春风抚育的一竿青竹，早就想归来感恩示谢，谁知道，我忙碌在京城宫殿整整13年且身不由己。如今，本想沽名钓誉的青竹，折于争权夺利的宦海，断了功名，也断了崇明乡亲父老对我的殷切期望，我无颜见你们，也无心模仿汉代《乐府诗集》中的刘生，任侠豪放，周游天下。
康熙六十一年，何焯于62岁时去世。死后康熙皇帝下诏，复其原官。破例赠予侍读学士，并赏赐金钱，给予立传，回乡治丧，令地方从优抚恤后代。雍正皇帝上位，全祖望写的何焯墓志铭中明确指出无人敢给这位先帝认可的学士立碑，新皇威仪可见一斑。直到乾隆朝，才由其学生等筹措立碑安葬。何焯一生轻资财，重情义，把自己应得的产业推让给诸弟，并经常接济贫困的亲戚朋友。学生中有才学而贫穷的，常常收留在家，接济饮食、住宿、就学，有簿册记录的就有400多人，被学者们称为“义门先生”。